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The aphid room
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Vita da simbionte
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- May 2, 2013
- 09:11 AM
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Replacing bacterial symbionts with a fungal symbiont… unusual changes in aphids!
by Mauro Mandrioli in The aphid room
Current models of bacterial genome evolution suggest that in small populations a burst of transposable element activity may lead to inactivation of non-essential genes and large deletions, followed by erosion of the pseudogenes resulting in genome reduction. Due to this process, the smallest sequenced cellular genomes are all obligate intracellular symbionts of insects. Interestingly, it seems that the [...]... Read more »
Vogel KJ, & Moran NA. (2013) Functional and evolutionary analysis of the genome of an obligate fungal symbiont. Genome biology and evolution. PMID: 23563967
- April 30, 2013
- 07:19 PM
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Leave aphids on your plants to preserve your children!
by Mauro Mandrioli in The aphid room
Aphids are frequently controlled by chemical compounds so that it could be not so unusual that you may interact with insecticides, for instance, after a general treatment of your home for spiders, insects or termites. A new study published by Elizabeth Milne et al. in the journal Cancer Causes & Control reveals that women exposed within a year of [...]... Read more »
Greenop KR, Peters S, Bailey HD, Fritschi L, Attia J, Scott RJ, Glass DC, de Klerk NH, Alvaro F, Armstrong BK.... (2013) Exposure to pesticides and the risk of childhood brain tumors. Cancer causes . PMID: 23558445
- April 5, 2013
- 09:21 AM
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Perché Wolbachia è Wolbachia, o meglio… perché Wolbachia è Wolbachia?
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
Wolbachia (di cui avevo recentemente parlato qui) è un simbionte di molte specie di artropodi e filarie e all’interno di ciascun ospite può essere presente sotto forma di diversi ceppi. Ad oggi, ci si riferisce a Wolbachia come una singola specie batterica in cui sulla base delle sequenze di alcuni geni sono stati però distinti diversi supergruppi (classificati come [...]... Read more »
Maren Ellegaard, K., Klasson, L., Näslund, K., Bourtzis, K., & Andersson, S. (2013) Comparative Genomics of Wolbachia and the Bacterial Species Concept. PLoS Genetics, 9(4). DOI: 10.1371/journal.pgen.1003381
Pfarr, K., Foster, J., Slatko, B., Hoerauf, A., & Eisen, J. (2007) On the taxonomic status of the intracellular bacterium Wolbachia pipientis: should this species name include the intracellular bacteria of filarial nematodes?. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 57(8), 1677-1678. DOI: 10.1099/ijs.0.65248-0
- April 5, 2013
- 04:40 AM
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Che microbioma abbiamo a cena?
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
Numerose evidenze suggeriscono che i batteri che costituiscono il nostro microbioma siano influenzati da ciò che mangiamo… ma sappiamo realmente quello che mangiamo? Non mi riferisco tanto alla qualità del cibo, quanto ai batteri che in quel dato alimento sono presenti. Mangiare una mela al giorno toglie il medico di torno dice la saggezza popolare, ma [...]... Read more »
Leff JW, & Fierer N. (2013) Bacterial communities associated with the surfaces of fresh fruits and vegetables. PloS ONE, 8(3). PMID: 23544058
- April 4, 2013
- 03:10 AM
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Microbiomi sui pattini
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
Talvolta mi imbatto in pubblicazioni scientifiche che mettono alla prova idee curiose o ricorrono a strani modelli sperimentali. Tra le ultime lette, il lavoro di Meadow è colleghi è indubbiamente il più insolito, perché mette a confronto il microbioma presente sulla pelle di giocatori di roller derby prima e dopo la partita. Sì, avete letto [...]... Read more »
Meadow, J., Bateman, A., Herkert, K., O’Connor, T., & Green, J. (2013) Significant changes in the skin microbiome mediated by the sport of roller derby. PeerJ. DOI: 10.7717/peerj.53
- April 3, 2013
- 03:41 PM
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Wolbachia sì, Wolbachia no, Wolbachia sì, Wolbachia no
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
Wolbachia pipientis è un batterio con insolite capacità poiché è in grado di alterare la corretta determinazione del sesso negli organismi che infetta. Questo peculiare comportamento deriva dal fatto che Wolbachia si trasmette da un individuo all’altro esclusivamente da madre in figlia. Per questo batterio quindi i maschi non sono utili come “mezzi di trasporto” verso le generazioni [...]... Read more »
Bazzocchi C., Ceciliani F., Bratting N. (2001) I simbionti batterici (Wolbachia) delle filarie: implicazioni per il trattamento e la patologia delle filariosi . Ann. Ist. Super. Sanità, 37(2), 265-273. info:/
Sironi, M., Bandi, C., Sacchi, L., Sacco, B., Damiani, G., & Genchi, C. (1995) Molecular evidence for a close relative of the arthropod endosymbiont Wolbachia in a filarial worm. Molecular and Biochemical Parasitology, 74(2), 223-227. DOI: 10.1016/0166-6851(95)02494-8
Bandi, C., Anderson, T., Genchi, C., & Blaxter, M. (1998) Phylogeny of Wolbachia in filarial nematodes. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 265(1413), 2407-2413. DOI: 10.1098/rspb.1998.0591
CASIRAGHI, M., ANDERSON, T., BANDI, C., BAZZOCCHI, C., & GENCHI, C. (2001) A phylogenetic analysis of filarial nematodes: comparison with the phylogeny of Wolbachia endosymbionts. Parasitology, 122(1), 93-103. DOI: 10.1017/S0031182000007149
McGarry HF, Pfarr K, Egerton G, Hoerauf A, Akue JP, Enyong P, Wanji S, Kläger SL, Bianco AE, Beeching NJ.... (2003) Evidence against Wolbachia symbiosis in Loa loa. Filaria journal, 2(1), 9. PMID: 12816546
Büttner DW, Wanji S, Bazzocchi C, Bain O, & Fischer P. (2003) Obligatory symbiotic Wolbachia endobacteria are absent from Loa loa. Filaria journal, 2(1), 10. PMID: 12801420
- April 3, 2013
- 04:50 AM
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Dal bypass gastrico al trasferimento di microbioma: la nuova frontiera della lotta all’obesità
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
Il bypass gastrico è una di intervento chirurgico volto a “ridurre” il volume dello stomaco in soggetti obesi in modo favorire la perdita di peso. A seguito dell’intervento possono infatti essere introdotte limitate quantità di cibo, che “imboccano” una nuova strada “saltando” (da cui il termine bypass) lo stomaco, il duodeno ed il primo tratto [...]... Read more »
Liou, A., Paziuk, M., Luevano, J., Machineni, S., Turnbaugh, P., & Kaplan, L. (2013) Conserved Shifts in the Gut Microbiota Due to Gastric Bypass Reduce Host Weight and Adiposity. Science Translational Medicine, 5(178), 178-178. DOI: 10.1126/scitranslmed.3005687
- April 2, 2013
- 08:20 AM
- 25 views
Anche le formiche nel loro piccolo… fanno più dolce il nettare!
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
Il nettare è un fonte appetibile di zuccheri e di amminoacidi per molti insetti. Sebbene le formiche siano spesso considerate solamente “avide ladre” di nettare, in realtà esse mostrano una articolata ed eterogenea serie di interazioni che vanno dal parassitismo (tanto che alcune piante producono sostanze repellenti per le formiche per limitare il “furto” di nettare) [...]... Read more »
de Vega, C., & Herrera, C. (2013) Microorganisms transported by ants induce changes in floral nectar composition of an ant-pollinated plant. American Journal of Botany, 100(4), 792-800. DOI: 10.3732/ajb.1200626
de Vega, C., Arista, M., Ortiz, P., Herrera, C., & Talavera, S. (2009) The ant-pollination system of Cytinus hypocistis (Cytinaceae), a Mediterranean root holoparasite. Annals of Botany, 103(7), 1065-1075. DOI: 10.1093/aob/mcp049
- March 4, 2013
- 08:15 AM
- 19 views
A.A.A. offresi tepore primaverile a pronubi raffreddati
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
Dopo aver letto il post sul microbioma del fiore del melo, Renato Bruni mi ha scritto che “nel caso dell’elleboro il microbioma del nettare ha anche un’altra funzione, quella di dar vita a fermentazioni esotermiche controllate, che scaldano il fiore e lo rendono più visibile e più accogliente per gli impollinatori. Dato che questa pianta [...]... Read more »
Herrera, C., & Pozo, M. (2010) Nectar yeasts warm the flowers of a winter-blooming plant. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 277(1689), 1827-1834. DOI: 10.1098/rspb.2009.2252
- March 3, 2013
- 10:00 AM
- 57 views
Quello che noi chiamiamo fiore di melo, anche chiamato con un nome diverso, conserverebbe ugualmente il suo dolce…. microbioma?
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
In una celebre scena d’amore, Giulietta affermava che se Romeo portasse un’altro nome, avrebbe sempre quella rara perfezione che possiede anche senza quel nome… ma se Romeo avesse un altro microbioma sarebbe pur sempre Romeo? e il profumo della rosa sarebbe lo stesso in presenza di batteri diversi? Nel corso degli ultimi anni, la presenza [...]... Read more »
Shade, A., McManus, P., & Handelsman, J. (2013) Unexpected diversity during community succession in the apple flower microbiome. mBio, 4(2). DOI: 10.1128/mBio.00602-12
- February 22, 2013
- 03:34 PM
- 138 views
Growing fast without zero population growth genes
by Mauro Mandrioli in The aphid room
If you had aphids on your plants, you have undoubtedly verified their fast growing rate. Indeed, aphids can reproduce quickly and it has been calculated that under ideal conditions (such as absence of predators, parasites, pathogens and benign climatic conditions, especially including optimal temperatures of 20 -25 °C), a single asexual female could in theory [...]... Read more »
Bauer, R. (2004) Gap Junction Channel Protein Innexin 2 Is Essential for Epithelial Morphogenesis in the Drosophila Embryo. Molecular Biology of the Cell, 15(6), 2992-3004. DOI: 10.1091/mbc.E04-01-0056
Thailayil, J., Magnusson, K., Godfray, H., Crisanti, A., & Catteruccia, F. (2011) Spermless males elicit large-scale female responses to mating in the malaria mosquito Anopheles gambiae. Proceedings of the National Academy of Sciences, 108(33), 13677-13681. DOI: 10.1073/pnas.1104738108
- February 9, 2013
- 03:31 PM
- 172 views
Aphid? An insect falling like a cat!
by Mauro Mandrioli in The aphid room
Aphids are wingless individuals (just some of them have wings) that live on leaves and face their predators and parasitoids simply by dropping off plants. Indeed, in order to avoid immediate dangers, aphids do not have any aggressive behaviour, but they simply jump from the plants landing on their legs, regardless of their initial orientation on [...]... Read more »
Ribak, G., Gish, M., Weihs, D., & Inbar, M. (2013) Adaptive aerial righting during the escape dropping of wingless pea aphids. Current Biology, 23(3). DOI: 10.1016/j.cub.2012.12.010
Yanoviak SP, Kaspari M, & Dudley R. (2009) Gliding hexapods and the origins of insect aerial behaviour. Biology letters, 5(4), 510-2. PMID: 19324632
Yanoviak, S., Munk, Y., & Dudley, R. (2011) Evolution and Ecology of Directed Aerial Descent in Arboreal Ants. Integrative and Comparative Biology, 51(6), 944-956. DOI: 10.1093/icb/icr006
- February 1, 2013
- 04:27 PM
- 116 views
Insects are still waiting for their quadruplex DNA!
by Mauro Mandrioli in The aphid room
A recent paper by Biffi et al. reported in Nature Chemistry clear evidence about the presence and quantitative visualization of DNA G-quadruplex structures in human chromosomes. Contrarily to what reported in several newspapers, the main result of this paper is not related to the occurrence of G-quadruplexes in human cells, but to their identification and [...]... Read more »
Biffi, G., Tannahill, D., McCafferty, J., & Balasubramanian, S. (2013) Quantitative visualization of DNA G-quadruplex structures in human cells. Nature Chemistry. DOI: 10.1038/nchem.1548
Oganesian L, & Bryan TM. (2007) Physiological relevance of telomeric G-quadruplex formation: a potential drug target. BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology, 29(2), 155-65. PMID: 17226803
Smith JS, Chen Q, Yatsunyk LA, Nicoludis JM, Garcia MS, Kranaster R, Balasubramanian S, Monchaud D, Teulade-Fichou MP, Abramowitz L.... (2011) Rudimentary G-quadruplex-based telomere capping in Saccharomyces cerevisiae. Nature structural , 18(4), 478-85. PMID: 21399640
Wu Y, & Brosh RM Jr. (2010) G-quadruplex nucleic acids and human disease. The FEBS journal, 277(17), 3470-88. PMID: 20670277
- January 28, 2013
- 03:06 AM
- 20 views
Specie da conservare, batteri per conservare
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
Nell’ultima settimana la conservazione delle specie animali e vegetali attraverso la catalogazione del loro genoma è stata oggetto di numerosi articoli. Alcuni di questi progetti mi hanno lasciato alcuni dubbi.. vedi ad esempio l’Archangel Ancient Tree Archive in cui David Milarch conserva genomi di specie vegetali a rischio di estinzione per poterle eventualmente recuperare, se [...]... Read more »
Redford, K., Segre, J., Salafsky, N., del Rio, C., & McAloose, D. (2012) Conservation and the microbiome. Conservation Biology, 26(2), 195-197. DOI: 10.1111/j.1523-1739.2012.01829.x
- January 25, 2013
- 04:01 PM
- 112 views
Guests in the aphid room…. the digital PCR
by Mauro Mandrioli in The aphid room
After the PCR discovery due to Kary Mullis, several improvements have been obtained in order to amplify and quantify nucleic acids. Among them, the Real-Time PCR, also called quantitative polymerase chain reaction (qPCR), is probably one of the most powerful and sensitive techniques for quantitative gene expression analysis and pathogen detection. As the name suggests, [...]... Read more »
Baker, M. (2012) Digital PCR hits its stride. Nature Methods, 9(6), 541-544. DOI: 10.1038/nmeth.2027
- January 24, 2013
- 04:17 PM
- 99 views
A DNA sequence (even if long) isn’t enough to understand a genome
by Mauro Mandrioli in The aphid room
from DNA sequences to genome understanding... Read more »
Singh, N. (2005) X-Linked Genes Evolve Higher Codon Bias in Drosophila and Caenorhabditis. Genetics, 171(1), 145-155. DOI: 10.1534/genetics.105.043497
Meisel RP, Malone JH, & Clark AG. (2012) Faster-X evolution of gene expression in Drosophila. PLoS genetics, 8(10). PMID: 23071459
Mank, J., Axelsson, E., & Ellegren, H. (2007) Fast-X on the Z: Rapid evolution of sex-linked genes in birds. Genome Research, 17(5), 618-624. DOI: 10.1101/gr.6031907
Casto AM, Li JZ, Absher D, Myers R, Ramachandran S, & Feldman MW. (2010) Characterization of X-linked SNP genotypic variation in globally distributed human populations. Genome biology, 11(1). PMID: 20109212
- January 23, 2013
- 03:02 PM
- 90 views
Evolving aphids: one genome-one organism insects or holobionts?
by Mauro Mandrioli in The aphid room
Recently I published with the colleague and friend Gian Carlo Manicardi a short review in Invertebrate Survival Journal about the relevant role of symbionts in evolution of aphids. Aphids have obligate mutualistic relationships with microorganisms that provide them with essential substances lacking in their diet, together with symbionts conferring them conditional adaptive advantages related, for [...]... Read more »
Mandrioli M, Manicardi GC. (2013) Evolving aphids: one genome-one organism insects or holobionts?. Invertebrate Survival Journal, 1-6. info:/
- January 21, 2013
- 02:32 AM
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Trapianti imbarazzanti: il trasferimento di microbiomi
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
I lettori più deboli di stomaco si fermino qui…. perché il microbioma può avere risvolti decisamente pulp. Perché? Un recente articolo pubblicato da Els van Nood e colleghi sulla rivista medica The New England Journal of Medicine dimostra che è possibile sostituire il proprio microbioma (contenente batteri patogeni) con uno “sano” in caso, ad esempio, di [...]... Read more »
van Nood E, Vrieze A, Nieuwdorp M, Fuentes S, Zoetendal EG, de Vos WM, Visser CE, Kuijper EJ, Bartelsman JF, Tijssen JG.... (2013) Duodenal Infusion of Donor Feces for Recurrent Clostridium difficile. The New England journal of medicine. PMID: 23323867
Aroniadis OC, & Brandt LJ. (2013) Fecal microbiota transplantation: past, present and future. Current opinion in gastroenterology, 29(1), 79-84. PMID: 23041678
Rosenthal, K. (2011) Fecal Transplants Transfer More Than Microbiota. Infectious Diseases in Clinical Practice, 19(4), 276-278. DOI: 10.1097/IPC.0b013e318211c556
- January 21, 2013
- 01:24 AM
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Microbiomi… a quattro zampe!
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
Verso la fine dello scorso anno, un articolo del Corriere della Sera si chiedeva se si potesse amare un gatto come un essere umano e Emanuela Prato Previde, psicobiologa dell’Università Statale di Milano, suggeriva che: «L’amore per le altre creature potrebbe teoricamente rivoluzionare la natura della civiltà. (…) Il meccanismo con cui noi formiamo i legami d’amore, [...]... Read more »
Jia, J., Frantz, N., Khoo, C., Gibson, G., Rastall, R., & McCartney, A. (2011) Investigation of the faecal microbiota of geriatric cats. Letters in Applied Microbiology, 53(3), 288-293. DOI: 10.1111/j.1472-765X.2011.03105.x
Hooda, S., Vester Boler, B., Kerr, K., Dowd, S., & Swanson, K. (2012) The gut microbiome of kittens is affected by dietary protein:carbohydrate ratio and associated with blood metabolite and hormone concentrations. British Journal of Nutrition, 1-10. DOI: 10.1017/S0007114512003479
Kil, D., & Swanson, K. (2010) Companion animals symposium: role of microbes in canine and feline health. Journal of Animal Science, 89(5), 1498-1505. DOI: 10.2527/jas.2010-3498
- January 18, 2013
- 05:27 AM
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E tu… che enterotipo sei?
by Mauro Mandrioli in Vita da simbionte
“Caro Professore belle queste cose sui batteri che mi vivono nello stomaco, ma quindi devo andare a farmi determinare il microbioma? Vado dal medico oppure direttamente al poliambulatorio?” A differenza di altri test diagnostici, le nostre conoscenze sul microbioma non hanno ancora un immediato valore diagnostico, per cui non precipitatevi dal medico con un campione di [...]... Read more »
Koren O, Knights D, Gonzalez A, Waldron L, Segata N, et al. (2013) A Guide to enterotypes across the human body: Meta-Analysis of microbial community structures in human microbiome datasets. . PLoS Comput Biol 9(1): . , 9(1). info:/doi:10.1371/journal.pcbi.1002863
Siezen, R., & Kleerebezem, M. (2011) The human gut microbiome: are we our enterotypes?. Microbial Biotechnology, 4(5), 550-553. DOI: 10.1111/j.1751-7915.2011.00290.x
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